Descartes fue educado en la escolástica, basada en la filosofía aristotélica y en la cosmología de Ptolomeo. En su etapa de universitario, se da cuenta de que existen otras teorías, como la de Galileo, totalmente diferente a lo que aprendió en la escuela. A partir de ese momento, Descartes intentará refundar la ciencia partiendo de conocimiento evidentes y basándose únicamente en la evidencia.
El saber científico es siempre una unidad, puesto que la verdad es una con independencia del objeto a que se refiera. Esto significa que el método también tiene que ser único y esta unidad se debe basar en la certeza o evidencia. A partir de aquí se pueden establecer las reglas del método científico.
MÉTODO, CIENCIA Y REALIDAD EN DESCARTES

Descartes cree que para todas las ciencias se debe utilizar el mismo método, buscando, como meta última la mathesis universalis, la aspiración a una comprensión total del universo. Este método tiene cuatro reglas (evidencia, análisis, síntesis y enumeración). La evidencia significa que no puedo admitir como verdadero algo en lo que haya la más mínima sospecha de duda. Esta es la regla básica a la que se deben reducir las demás. En la realidad aparecen problemas complejos o compuestos, que se deben descomponer en elementos más simples (análisis), aplicar a cada uno de estos elementos la regla de la evidencia; una vez resueltos se deben volver a reunir las soluciones (síntesis). La regla del análisis y la síntesis deben ser puestas en relación con las vías aristotélicas de la inducción y la deducción. El análisis, al igual que la inducción aristotélica, consiste en ir de lo más inmediato hacia las naturalezas más simples y es el orden de la investigación, mientras que la síntesis, al igual que la deducción es el orden de la exposición, que consiste en inferir la realidad compleja a partir de las naturalezas simples por medio de cadenas de razonamientos. Como veremos más adelante, las naturalezas simples son para Descartes los elementos de la geometría analítica. Finalmente, puesto que las cadenas de razonamientos pueden llegar a ser muy extensas, por lo que es necesario hacer repasos constantes, tenemos que recurrir a la enumeración que es una regla que tiene que ver con la debilidad de la memoria.
LA DUDA METÓDICA
Acto seguido Descartes aplica su método a la cuestión de la existencia. Aparentemente hay un mundo de cosas externas a mí que me rodea. Pero, ¿es evidente esta existencia? Esta cuestión va ligada en Descartes (y es una característica del Racionalismo) a la duda acerca de la información que nos proporcionan los sentidos, que son los que aparentemente nos informan de la existencia de las cosas. La pregunta por lo evidente se transforma en la pregunta por lo dudable y así aparece el método concebido como la “duda metódica”. Es evidente lo indubitable. Una vez afirmado esto, el método consistirá en asimilar a falso todo aquello que no es indubitable. Y aquí aparecen los pasos de la duda metódica: ¿De qué cosas podemos dudar?
a) De las cosas inmediatas (percibidas por los sentidos). Descartes pone varios ejemplos: la cuchara aparece torcida cuando la meto en un vaso con agua. El sol parece del tamaño de una moneda, etc. Pero en definitiva, siempre cabe la posibilidad de pensar que estoy soñando, ya que cuando sueño tengo la misma seguridad subjetiva de lo que percibo que cuando estoy despierto. A esto lo llamaremos “el artificio del sueño”. Observemos que Descartes sólo está aplicando la duda como método: asimilar a falso todo aquello de lo que se pueda dudar. En este caso, el artificio del sueño me obliga a dudar de toda la experiencia, de los sentidos.
b) ¿Qué queda si dudo de los sentidos? Las verdades matemáticas. En sueños o despierto siempre los ángulos de un triángulo suman 180º. Así que este artificio no me vale para dudar de las matemáticas. ¿Significa eso que no puedo dudar en absoluto? No, porque podría ocurrir que algo (un genio maligno, un Dios engañador) hiciese que me equivocase incluso cuando tengo la certeza subjetiva de algo. A esto lo llamaremos el “artificio del Dios engañador-genio maligno”.
Después de este segundo paso de la duda ¿queda algo de lo que no pueda dudar? Pues precisamente de que hay algo que duda, es decir de que yo (aunque todavía no sepa qué significa este “yo”) dudo. Y como dudar es una forma de pensar puedo afirmar: “Pienso, luego (en ese sentido) existo” o en latín: cogito ergo sum.
Consecuencias del cogito como verdad primera y fundamental:
¿Què quiere decir cogito? (=pensar, sentir...)
¿Qué quiere decir sum? (=existo, tengo experiencias)
¿Qué es lo que existe? ¿Qué es el yo? No puedo aceptar sin examinarlo el prejuicio de que con esto he demostrado la existencia de algo así como “el hombre” o “el individuo” o algo parecido. En todo caso, no se ha demostrado nada respecto al cuerpo. Sólo he demostrado que tiene que existir “algo” cuya actividad puede consistir en dudar. Y a eso es a lo que llamo “cogito”.
Una vez he llegado a esta primera verdad fundamental puedo ver las características de la evidencia: claridad y distinción. Y esto lo puedo utilizar como criterio de evidencia en todas las investigaciones ulteriores. Así la claridad y la distinción constituirán la característica fundamental de las verdades científicas. En este contexto aparecerá la diferencia entre las cualidades primarias y secundarias. Las secundarias (olor, sabor) nos vienen por los sentidos y no son garantía de verdad. Han de ser reducidas a las primarias (extensión y movimiento) que son las que pueden ser construidas por el entendimiento.
Esto nos lleva a un criterio de certeza que podemos enunciar de manera exterior al hilo cartesiano: la subjetividad. La certeza del objeto consiste en la posibilidad de construirlo en la subjetividad (en la mente). Es en este sentido que adquiere prioridad el conocimiento matemático. Esto que puedo construir mentalmente son las Ideas.
Así, las ideas quedan como únicos objetos del cogito. Descartes hablará de 3 tipos de ideas: factícias (= construidas, p.e. centauro), adventicias (=externas, p.e. hombre), innatas (ideas del entendimiento no producidas por mí ni encontradas en la realidad: p.e. infinito, existencia). Cuando Descartes se pregunta por la existencia de las ideas llega a la conclusión de que tienen una Realidad material (lo que ellas sean en sí) y una Realidad formal (aquello a lo que se refieren). A partir de aquí Descartes continúa con una serie de razonamientos que nos recuerdan bastante el método escolástico y el planteamiento aristotélico, según el cual la realidad de algo no puede ser superior a la realidad de su causa. Esto nos lleva directamente a la demostración de la existencia de Dios ya que es causa de la idea de Dios (de infinitud) y no podría ser que la causa de la idea de infinito no fuese ella misma infinita: lo finito no puede ser causa de la idea de infinito. O dicho de otra manera, yo que soy falible, finito, limitado (que dudo) no puedo ser causa de la Idea de perfección o infinitud. Con este argumento y otros (también acepta el argumento escolástico de San Anselmo que ya Tomás no había aceptado) Descartes llega a la demostración de la existencia de Dios, punto de inflexión en su hilo argumental.
¿Por qué? Porque si Dios existe no puede ser no-bueno (ya que entonces no sería Dios). Es decir la anterior hipótesis del Dios engañador (omnipotente, infinito...) se me muestra ahora como absurda. Y si Dios no puede ser engañador entonces la creación entera (el mundo externo de cuya duda partía) no puede ser un engaño absoluto. El mundo existe (res extensa) lo cual no quiere decir que no me puedan engañar lo sentidos o que el mundo deba ser tal y como yo me lo imagino.
El Dios veraz es también garantía de las Ideas innatas (presupuestas en toda experiencia, como las verdades matemáticas). Ahora bien, el Dios veraz no hace imposible el error. El error se explicará como diferencia de amplitud entre la voluntad y el entendimiento. El error siempre se produce por la voluntad (falta de método, p.e.) no por el entendimiento.
Es aquí donde juega un papel el análisis que hace Descartes del trozo de cera. Un trozo de cera cambia todas sus propiedades: color, consistencia, figura,..en función del calor que recibe. Sin embargo sabemos –por medio del entendimiento- que es la “misma cosa”. Esto le sirve para distinguir entre sensibilidad y entendimiento y para entender el concepto de sustancia. Aquí aparece el concepto de sustancia, como aquello que se mantiene en todo cambio (la cera tras las diferentes apariencias) y también aquello que existe por sí mismo. La sustancia es el objeto del entendimiento y no de los sentidos. En este contexto se produce la aclaración de la naturaleza del cogito que por ello pasa a entenderse como una sustancia.
Según lo que estamos entendiendo por sustancia queda claro que en sentido estricto sólo hay una cosa que existe por sí misma y ésta es la sustancia infinita (Dios). Ahora bien, dentro del ámbito de la creación podemos entender que hay dos sustancias finitas: la sustancia pensante (o res cogitans, el cogito) y la sustancia extensa (o res extensa)
Descartes no acepta los accidentes aristotélicos. La metafísica se organiza en sustancia, atributos y modos. El atributo de la res extensa es la extensión, los modos, la figura y el movimiento. El atributo de la res cogitans es el pensamiento y los modos: la imaginación, la memoria, la sensación, etc, que se pueden resumir en dos: el intelecto y la voluntad. De la res extensa se ocupa la Física matemática (o mathesis universalis) en el sentido amplio que le da Descartes.
FÍSICA Y MECANICISMO
Los modos son aquello que realmente está en la sustancia. Esta son las cualidades primarias (movimiento y extensión). En cambio, las secundarias (color, olor...) no reflejan la realidad de la cosa ya que se relación con la imaginación y no con el entendimiento. Aparece otra vez la distinción entre lo que procede de los sentidos (las secundarias) y del entendimiento (las primarias).
Idea de la ciencia (mathesis universalis): la ciencia universal sería la ciencia del orden y la medida que va incluso más allá de la matemática abstrayendo toda posible materia de la realidad física.
Para Descartes el universo es como una gran máquina -mecanicismo-. En él todos los fenómenos se explican por los movimientos de las partículas en que se divide la materia. Para Descartes hay tres tipos de materia: materia gruesa (la habitual de los cuerpos que percibimos por los sentidos), el éter (materia más sutil que llena gran parte del espacio) y partículas de luz (las más sutiles). No pude existir el vacío y el movimiento sin vacío es posible por medio de los “torbellinos” que producen los diferentes tipos de materia.
Toda la realidad extensa o exterior se reduce, por consiguiente, a extensión y movimiento. Hay que descartar por completo la existencia de «fuerzas ocultas» de naturaleza animada, como las que defendían los renacentistas, y la búsqueda de causas finales que se proponía la física aristotélica.
Como el universo en su conjunto, también las plantas, los animales y el mismo cuerpo humano son puros mecanismos, y un ejemplo sería la circulación sanguínea. Para explicar su actividad, no hay que recurrir a ningún alma, sea vegetativa, sensitiva o racional. Los movimientos de los seres vivos obedecen a las mismas fuerzas que operan en el resto del universo.
Descartes establece varias leyes fundamentales de la Física como la ley de la inercia y conservación de la cantidad de movimiento (en línea recta).